四大家鱼的病害主要是病毒性、细菌性和寄生虫类疾病。危害草鱼和青鱼的主要病害有细菌性肠炎、细菌性烂腮、指环虫、赤皮病、车轮虫、中华鳋病、病毒性出血症等疾病。危害鲢鱼、鳙鱼的主要病害有打印病、烂腮病、车轮虫、中华鳋病、水霉病、暴发性出血病等种疾病。对于鱼群来说，往往是寄生虫的发病率较高，而细菌性疾病给养殖户带来的损失最大，要在生产中重点防治这两类病害。每年的4～5月和8～9月是气候变更的季节，鱼类对于环境的变化比较敏感，特别是在春暖冬寒的时候，鱼类在生理上的防疫能力比较薄弱，对环境的抵抗力比较差，容易生病。
防治措施：坚持“预防为主，防治结合，有病早治”方针，加强对鱼的免疫和养殖生产管理，选用良种、优化养殖环境，采用优质饲料，增强鱼类抗病能力。四大家鱼病害防治技术较成熟，要针对诊断的病害提出具体防治措施。